川芎菌核病學名Sclerotinia sclerotiorum。病害導致藥材植物葉片出現大面積的病斑，種植人員及時了解川芎菌核病癥狀，控制病害的發生。
川芎菌核病癥狀：
發病部位為莖基部。初期莖基近地面處出現水漬狀淺褐斑，橢圓形，稍凹陷，后向上下蔓延，擴大成長條形或繞莖大斑，后皮層腐爛，淺灰色，表面及莖稈內有白色菌絲和鼠糞狀黑灰色菌核。全株或部分莖稈枯死。
川芎菌核病發病環境及條件：
以菌核在土壤中及莖節越冬越夏。以土壤轉移及節盤帶菌傳播。當氣溫在9-16℃，pH5-8，田問溝道淺，排水不良，土壤濕度大，植株蔭蔽田發病重。
川芎菌核病防治方法：
（1）輪作，不用病莖節作種苗。
（2）田間排水溝要保持在15cm以上，排水暢通。
（3）作種莖節用50%多菌靈800倍液浸漬10分鐘晾干后排種。
（4）發病初期及時拔除病株，用生石灰消毒，并用50%速克靈1000倍液或50%農利靈可濕性粉劑800-1200倍液，50%托布津可濕性粉劑，50%多菌靈可濕性粉劑，50%苯來特可濕性粉劑，20%菌核凈可濕性粉劑500倍液噴灑及50%氯硝散粉2-2.5kg噴撒。