好環境能預防雙孢菇的一些病害，專家的研究發現：通過加強對雙孢菇栽培的綜合管理，創造利于雙孢菇生長而不利于病蟲害繁殖的環境是有機雙孢菇生長的關鍵。
1.搞好環境衛生。制種和操作人員必須建立起正常的清潔衛生管理制度，不斷污染物并加以藥劑消毒，菇房、用具以及室內的一切設備，要經常清洗和消毒，進菇房注意鞋底以及衣著整潔，能及時更換。
2.消毒方式的選擇。優先采用高壓蒸汽法、常壓間歇法、巴氏法以及紫外線燈法等物理手段消毒，化學消毒優先使用堿類、酚類，避免使用重金屬鹽類等消毒劑。
3.處理好原料。雙孢菇培養料一定要避免受潮霉變或滋生害蟲木屑、麥草、牛馬糞等的堆積，下面要墊塑料薄膜或由毛氈防潮，上面要遮蓋好防雨淋或雜物落入。雞糞、牛馬糞、米糠、麩皮、餅料等易生霉菌，應密封儲藏。培養料要經過高溫消毒或發酵腐熟，堅持搞好二次發酵。覆土材料必須經蒸汽或福爾馬林消毒。
4.調整水量和酸堿度。水分要適當，酸堿度要適宜，并隨時檢測調整。菇房要隨時保持良好通風，空氣相對濕度不宜超過95%.
5.妥善保管培養基。出鍋的料瓶或過的培養基應加以保護，防止二次污染，要加蓋紗布或薄膜，入箱熏蒸還要用新潔爾滅等藥水擦洗，防止塵埃污染。
6.嚴格執行操作規程。接種工作技術性強，一定要耐心細致，切記碰擦粘帶。對一切用具以及容器，能洗的要洗干凈，能熏蒸的要熏蒸，能擦酒精的要擦酒精，能用酒精燈火焰燒的用火焰燒。
7.采用人工物理方法防治病蟲害。如用黑光燈誘殺蚊蠅等，培養料充分發酵殺死線蟲和癭蚊，除去腐變的部位，用石灰水消毒。改善環境，調整溫度（如降低溫度可以防止胡桃肉狀菌）、濕度（如降低濕度防止鏈孢霉菌）pH值（如降低PH值可以防止白霉菌等）。
8.嚴禁使用有巨毒的農藥。不使用有機汞制劑或有機磷制劑以及殘存時間長，又不易分解的農藥，優先使用植物性殺蟲劑，如除蟲菊、魚藤、煙草浸出液以及微生物殺蟲劑。