西紅花莖腐病發病部位為莖基部，發現病株要及時噴灑農藥進行防治。
發病環境：病菌在病殘體內越冬。土壤溫度高，濕度大，多雨，土壤黏重，排水不良，地下沖嚴重，重茬發病重。
防治辦法：
1、選擇地勢高燥，排水良好的沙壤土種植。
2、細心管理，減少根傷。及時防治地下蟲，一般采用3%甲基異柳磷顆粒劑每畝3-5kg處理土壤，或90%晶體敵百蟲200g加溫水適量化開拌粉碎對策餅肥上傍晚撒地表，淺鋤混土。
3、發現病株及時鏟除，用生石灰撒施病穴消毒，也可用1%敵克松可溶性粉劑藥泥封穴，并用72%農用鏈霉素1000倍液噴灑或用70%敵克松可溶性粉劑600倍液灌注。