蓮藕田基地的施肥量應根據土壤肥瘦而定，一般選擇土質疏松、肥沃、有機質豐富、灌排方便的田塊，結合整地每畝施入畜糞肥2500-3000公斤，二銨25公斤，硫酸鉀10-15公斤，生石灰50-100公斤，過磷酸鈣50公斤，餅肥150公斤，耙平即可。
蓮藕整個生育期需要追肥3次。頭次在1-2片立葉（大約定植25天）時施用，結合中耕除草，每畝追尿素3-5公斤或施入人糞尿750-1000公斤；第二次在有5-6片立葉（約定植后40天，即將封行時）施用，每畝施復合肥20-25公斤，尿素5公斤，或人糞尿肥800公斤左右；第三次追肥在終止葉出現時進行，這時結藕開始，即為追藕肥，每畝施入糞尿肥1000-1500公斤，餅肥30-50公斤。
施肥應避免在烈日的中午進行，放淺水位，有利于肥料滲入土中，然后再灌水到原來的深度。在深水藕田中，肥料易流失，所以不能直接施用液化肥料，應施用固體肥料，并埋入泥塘中。追肥時，首先將化肥與河泥混合，做成泥團，再施入藕田。
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