番茄細菌性斑疹病病害應選用優質、抗病種的品種進行傳播，可及時防治病害的發生。
（1）選用耐病品種。
（2）在干旱地區采用滴灌或溝灌，盡可能避免噴灌。
（3）建立無病種子田，確保種子不帶菌是杜絕病害傳播的根本措施；種子用1%次氯酸鈉溶液+云大-120500倍液，浸種20-30分鐘，再用清水沖洗干凈后催芽播種。
（4）初發病時用“天達2116”800倍液+“天達諾殺”1000倍液、77%多寧可濕性粉劑600倍液、70%可殺得101可濕性粉劑800倍液、新植霉素4000倍液、50%琥膠肥酸銅可濕性粉劑500倍液噴霧，每隔7-10天噴1次，連噴3次。
一、農業防治：
（1）移栽前或收獲后，田間及四周雜草，集中燒毀或漚肥；深翻地滅茬、曬土，促使病殘體分解，減少病源和蟲源。
（2）育苗的營養土要選用無菌土，用前曬三周以上；
（3）和非本科作物輪作，水旱輪作。
（4）選用抗病品種，選用無病、包衣的種子，如未包衣則種子須用拌種劑或浸種劑。
（5）育苗移栽，播種后用藥土覆蓋，移栽前噴施一次除蟲劑，這是防病的關鍵。
（6）適時早播，早移栽、早培土、早施肥，及時中耕培土，培育壯苗。移栽時汰除病、弱苗。
（7）選用排灌方便的田塊，開好排水溝，降低地下水位，達到雨停無積水；大雨過后及時清理溝系，防止濕氣滯留，降低田間濕度，這是防病的重要措施。
（8）土壤病菌多或地下害蟲嚴重的田塊，在播種前撒施或溝施殺蟲的藥土，
（9）施用酵素菌漚制的堆肥或腐熟的有機肥，不用帶菌肥料，施用的有機肥不得含有本科作物病殘體。
（10）采用測土配方施肥技術，適當增施磷鉀肥，加強田間管理，培育壯苗，增強植株抗病力，有利于減輕病害。
（11）及時防治害蟲，減少植株傷口，減少病菌傳播途徑；發病時及時病葉、病株，并帶出田外燒毀，病穴施藥或生石灰。
（12）嫁接防病，用野生水茄、毒茄或紅茄作砧木，栽培茄作接穗，采用劈接法嫁接，可減輕病害。
（13）加強水肥管理，控制好棚室內的濕度，及時通風排濕。減少果實受傷。果實成熟后及要及時采收，摘除病果，清理落地果。嫁接防病，用野生水茄、毒茄或紅茄作砧木，栽培茄作接穗，采用劈接法嫁接，確有實效。
（14）嚴格執行檢疫制度，疫區種子、果實等不準外運，非疫區不用疫區種子。
二、物理防治：
用56℃恒溫水浸種30分鐘后，冷水冷卻后催芽播種。
三、生物防治：
發病時噴施生物制劑：
72.2%農用鏈霉素可濕性粉劑4000倍液
90%新植霉素可濕性粉劑4000倍液
四、化學防治：
（1）種子：
1.05%次氯酸鈉浸種20-40分鐘。浸種后用清水沖洗掉藥液，稍晾干后催芽。
（2）發病時噴施：
77%豐護安（可殺得、冠菌銅、氫氧化銅）可濕性粉劑800倍液
53.8%可殺得2000干懸浮劑600倍液
20%噻菌靈（龍克菌）懸浮劑500倍液
14%絡氨銅水劑300倍液
隔10天1次，連續防治2-3次。