內蒙古土壤肥料和節水農業工作站為自治區農牧業廳所屬的相當于正處級全額撥款事業單位。內設科級機構五個：綜合科、土壤科、肥料科、監測科、節水科。核定事業編制21名。其中：技術人員編制17名，其他人員編制4名。核定處級領導職數3名（1正，2副），科級領導職數8名（4正，4副）。
內蒙古土壤肥料和節水農業工作站的主要職能職責是：承擔全區肥料登記備案工作和肥料質量監督檢查工作；承擔全區土壤資源和宜農土地資源調查、評價工作；承擔全區耕地質量與環境評價、定級、監測工作；負責耕地合理使用、節水農業發展規劃的組織實施；承擔土壤培肥、科學施肥、節水農業新技術的攻關、引進、集成及試驗、示范與應用推廣工作；承擔全區土壤墑情、旱情監測及預報工作。
近幾年來，內蒙古土壤肥料和節水農業工作站以國家和自治區重大土肥水項目實施為抓手，在全區開展了測土配方施肥、土壤有機質提升、標準糧田建設、旱作農業示范基地建設、節水農業項目等農技推廣工作。在工作過程中，推廣機制不斷創新、技術模式不斷完善、應用規模不斷擴大、綜合效益不斷提升。并通過總結經驗、擴大宣傳、典型示范、農科教結合、信息技術應用等一系列措施，推動土肥水工作躍上了新臺階。
多年來，經全站職工共同努力，取得了一系列的科研推廣成果，其中獲自治區科技進步一等獎2項、二等獎2項、三等獎7項；農牧漁業豐收一等獎2項、二等獎2項、三等獎1項；自治區農牧業豐收一、三等獎各1項。
