玉溪農業職業技術學院的前身是重點中專玉溪農業學校，學校成立于1956年，1991年經省教委評估認定為“合格中專學校”；1993年被省政府認定為“省部級重點中專學校”，同年省政府批準建立“云南省玉溪煙草栽培學校”；1996年被省科委、團省委定為“云南省青年星火技術培訓示范基地”，并獲云南省農業中專教學規范化管理一等獎；1997年省教委命名為“省級文明學校”；1998年被省委、省政府命名為“省級文明單位”；1999年被省委、省政府命名為“文明單位工作先進單位”；2000年首批步入重點中專行列。于2002年3月22日經省政府批準，國家教育部備案，成立以舉辦高等職業技術教育為主、面向招生的普通全日制公辦高等職業學校（即玉溪農業職業技術學院）。
