內蒙古農牧業科學院是內蒙古自治區直屬公益事業單位,其前身為清宣統二年(1910年)綏遠將軍端良奏請清延獲準設立的歸綏農林試驗所，迄今有100年歷史。1945年，更名為綏遠省立第二農事試驗場。1950年，綏遠省省立歸綏農事試驗場。
1956年成立內蒙古農業科學研究所。1954年成立內蒙古畜牧獸醫科學研究所。1964年內蒙古農業科學研究所、內蒙古畜牧獸醫科學研究所和內蒙古林業研究所合并成立了內蒙古農牧科學院，為正廳級建制，隸屬自治區政府領導。1971年內蒙古農牧科學院被撤消，三所恢復各自處級建制。1979年農業、畜牧兩個研究所更名為內蒙古農業科學院和內蒙古畜牧科學院.準廳級建制。2005年，.恢復組建為正廳級建制的內蒙古農牧業科學院。
目前，科學院內設8個職能處室、16個研究所、3個中心、1個雜志社、4個研究中心、2個自治區重點實驗室。現有在職職工736人其中專業技術人員456人。研究員59人，副研究員158人，博士44人，碩士88人。博士生導師3人，碩士生導師11人。獲內蒙古杰出人才獎2人，烏蘭夫基金獎3人，“新世紀百千萬人才工程”人選3人，自治區“321”人才工程人選22人，有突出貢獻的中青年專家19人，享受特殊津貼39人。獲得國家首席科學家1人，崗位科學家15人，綜合試驗站站長9人。
內蒙古農牧業科學院主要職能是負責全區農牧業資源普查、動態監測,編制全區農牧業科技中長期發展規劃和年度計劃；在動物遺傳育種、植物栽培、土壤肥料植物保護、生物技術、農業物理、生理生化、園藝生產、動物科學、動物營養與飼料、動物醫學與疫病防治、草地生態、資源與環境、農牧業經濟等學科開展應用基礎,應用技術和技術開發研究。開展科技成果示范和科技服務，開展農牧業科技知識傳播與培訓,提高農民科技文化素質，承擔或參加國家和自治區農牧業科技攻關及其它研究任務，承擔相關學科博士碩士研究生的培養，在農牧業科技創新體系建設中起主導作用；.組織聯合攻，為科教興區戰略提供強有力的科技支撐。