農用有機硅表面活性劑對植物有一定的毒性，對生物膜破壞作用的結果。它對環境的危害方面根據現在的調查數據顯示，他跟一般的助劑沒有什么差別。
1，藥害
由于有機硅表面活性劑會進入介質與組織密切接觸，氣孔滲透是藥害產生的一個方面。利用浸漬在表面活性劑溶液中的甜菜根組織滲透出的β-花青色素，可測試天生的細胞毒性。測試結果表明，有機硅表面活性劑的細胞毒性比脂肪胺及兩種乙氧基烷基酚類表面活性劑的細胞毒性低。
草甘膦加入脂肪胺和乙氧基醇類的表面活性劑使用時，在白茅葉表出現藥害癥狀;而用有機硅表面活性劑，即使有很多的沉淀物在葉上，也看不到藥害癥狀。對蠶豆和常見的藜同樣施用各種不同代號的有機硅表面活性劑，亦沒有發現藥害。
有機硅表面活性劑對植物是溫和的，總體上是有益的，關鍵是噴霧制劑的藥害。所以，為充分發揮有機硅表面活性劑的功效，須對農藥制劑進行優化。
2，危害
一般來說，有機硅表面活性劑并不比大多數農藥有更多的危害。
毒理學資料表明，吞入有機硅也許與預計的結果完全相反。可以設想，這是由于有機硅在胃內的酸性環境和接下來在腸道的堿性環境中迅速降解的結果。
由于有機硅表面張力極低，所以在使用有機硅表面活性劑時，應保護好眼睛。同理，有機硅表面活性劑進入水中對魚高毒，因表面張力降低使魚鰓功能受損。有機硅滲透力強，表皮毒性高，與皮膚接觸可能有刺激性，故作業時要穿好標準防護服。由于有機硅表面活性劑有可能滲透防護服，故這方面的毒害比常規表面活性劑高。
3，環境
尚未見到有機硅表面活性劑環境研究方面的專門報道。根據對各種農藥研究，有機硅表面活性劑在這方面與其它助劑沒有什么差異。
總之，有機硅表面活性劑代表了一類新型、高效的農藥助劑，應用前景十分廣闊，遠遠超出目前所開拓的領域。以發展的眼光看，今后農藥助劑用有機硅表面活性劑應注重作用機理的探索。深入研究助劑分子與農藥有效成分及有機體(蟲體、植物體表、菌體等)之間的相互作用，將為開發應用新型、高效的有機硅表面活性劑提供可靠的理論依據;不同的農藥、不同的劑型對有機硅表面活性劑有不同要求，總的說來至少應具備以下特點:對原藥不分解;能大大降低制劑表面張力;對水、酸、堿、鹽、熱穩定;對作物無藥害。因此，須全面優化制劑配方，以限度提高有機硅表面活性劑的功效，并減少不良影響。