藥材和我們平時種的普通的農業產品不太一樣，它發生病蟲害時經常在夏季高溫期，必須及時使用農藥防治。但在防治藥材病蟲害時，有些劇毒農藥及殘留期長的農藥不能使用。
一是劇毒農藥，如有機磷類的久效磷、呋喃丹、甲胺磷、1605、毒殺酚、甲基異柳磷、魚藤精、磷胺等，施用后在短期內毒性難以消失，容易造成中藥材帶毒收獲加工。
二是低毒但殘留期長的農藥，如有機磷類中的六六六、倍硫磷、有機氯、有機氮類的滴滴涕、狄氏劑等，病人服用施過這些農藥的中藥材后，不但降低藥效和療效，還會導致慢性中毒。
那么，防治藥材病蟲害宜使用哪些農藥呢？一般來說，凡高效低毒、殘留期短的農藥都可使用，如有機磷類中的敵百蟲、敵敵畏、樂果、辛硫磷等；菊酯類的速滅殺丁、敵殺死等；殺菌劑中的波爾多液、石硫合劑、代森鋅、多菌靈、雙效靈、代森銨、抗枯寧、百菌清等。使用農藥時應按使用說明或在技術人員指導下進行，用量過大的仍有可能導致藥害。另外，在中藥材收獲前20天，嚴禁使用農藥。