中草藥一般在施肥方法上，重施底肥不施追肥。大部分底肥在秋季使用，也有少部分在春季用，基肥是有機肥，追肥用腐熟的有機肥，如餅肥（豆餅、芝麻餅）和人糞尿等。
中草藥的施肥目標，不僅要考慮如何提高藥材產量，同時應注重提高中草藥的藥效。至于如何將平衡施肥的原理用于中草藥的施肥，首先要看到中草藥的植物種類繁多，對于不同藥用器官的中草藥來說，為了獲得較高的藥材量和足夠的藥效，必須針對藥用器官特性在施肥上有所區別。
中草藥施肥要在有機肥的基礎上施用適量的化肥，二者的配合施用才有助于產出和藥效的綜合提高 。近年來一些研究表明，單獨多用有機肥也不完全適合于各種藥材植物，如人糞尿用在人參和西洋參上容易抑制須根的發育；在黃芪上全部施有機肥的效果不如施專用復合肥的效果好。
中草藥如果施用有機肥的話，也是需要遵循一定的原則的，如下：謹慎施用化學氮肥，重視配施化學磷鉀肥，巧施中微量元素肥料。
例如，以花和果為藥用器官的中草藥植物，要注重配施磷鉀肥；以根和鱗莖為藥用器官的中草藥植物，要特別注意鉀肥的施用。對于各種中草藥植物的施肥來說，化學氮肥的使用都要特別謹慎，過量施氮會導致藥性降低或者徒長與爛根。由于中草藥植物既要獲取適量的藥材又要有較高的藥效，根據近代化學的研究表明，起作用的有效成分大部分都是一些體內次生代謝產物，為了這些成分的產出和作用效果，在施肥供應上不僅要大量元素，還需要微量元素的參與。但很少量的微量元素肥料（一般用量在每畝4兩至兩公斤之間，因不同元素而異）通過土壤使用時，必先和大量有機肥摻混后才可施得均勻。