防治番茄綿腐必須要對癥打農藥，否則不僅達不到既定的效果，還會造成藥害，到頭來得不償失。番茄綿腐病主要侵染果實。苗期該病菌引起猝倒病。生長期果實染病，生水浸狀黃褐色或者褐色大斑，導致整個果實腐爛，被害果實外表不變色，有時番茄果皮破裂，其上密生大量白色霉層別于綿疫病。
由瓜果腐霉菌侵染所致，在高溫高濕環境容易發生，也就是說主要發生在雨季，僅個別果實染病以及積水處發病嚴重。
防治方法：可以結合番茄綿疫病、晚疫病綜合防治，用藥雷同。露天種植的番茄在雨季非常容易發生該病害，要注意收聽天氣預報，在雨前雨后用藥噴霧保護。
葉面噴霧農藥可以選擇：烯酰嗎啉、甲霜靈、霜脲氰、乙磷鋁、百菌清等。