生物農藥由于它的主要成份與我們常用的化學農藥不同，所以我們使用時，也要注意一點，這樣才能使它的藥效發揮到。
生物農藥作用緩慢，宜在害蟲低齡幼蟲期使用。許多生物農藥殺蟲效果緩慢，比不上化學農藥，噴后立桿見影。因此，用藥時間應比化學農藥提前2-5天。如BT乳劑、白僵菌等，一般噴藥后，害蟲3-5天才逐漸死亡。
要注意噴藥的氣候條件。生物農藥有些菌類，只有適宜的氣候條件，這類農藥才會充分發揮作用。一般生物農藥適宜的溫度為20-30℃，濕度越大越好，同時要避免過強的光照條件，殺死有益菌。
使用時要隨配隨用，配好的農藥一次用完，如白僵菌，配好的農藥要在2小時內噴完，以免孢子過早萌發，失去效力。
生物農藥可以和多種殺蟲劑混用，或加入少量洗衣粉，能增加其粘著能力，提高藥效。
生物農藥不能和殺菌劑混用，生物農藥多為菌類，和殺菌劑混合后，它主要成份菌類也被殺死，農藥也就失去了效果。