小麥秋播直接影響著來年小麥收成的好壞，面對病蟲害可以推廣使用殺菌劑和殺蟲劑復合的種衣劑或拌種劑進行包衣或種子處理。農戶應根據當地主要病蟲種類，選擇適和當地的種衣劑。
近年來由于秸稈還田使地下害蟲滋生，并且氣候因素病害逐年遞增，使農民朋友猝不及防。小麥出現的主要病蟲害有四種：
，土傳病害，主要是紋枯病、全蝕病、根腐病。這些病菌并不是說今年出現了，明年就不會有，它可以存活多年，從小麥播下種子開始發芽之后就可能被病菌侵染。
第二，系統侵染病害，主要有稈黑粉病、散黑穗病和腥黑穗病。病菌從小麥種子發芽就侵入生長點，隨小麥植株生長進行系統侵染，穗期表現為害癥狀。
第三，地下害蟲，主要是蠐螬、螻蛄和金針蟲，在秋苗期和返青后會咬食小麥根莖部，造成缺苗斷壟。
第四，小麥蚜蟲，吸食葉片、莖稈、嫩頭和嫩穗的汁液，間接危害是傳播小麥黃矮病。
處理這四種危害有效的方法就是拌種，種子包衣是一項把防病、治蟲、消毒作為一體的種子處理技術，不僅可以避免病蟲為害，而且包衣的種子還具有發芽率高、根系發達、促進分蘗、提高產量和品質作用。具體來解決這四種病危害，有兩種方法。，針對土傳病害和種傳病害的問題來說，現在的殺菌劑多是自下向上單向傳導，地上噴施藥劑無法到達發病部，但防治種傳病害和土傳病害效果并不是很好。采用藥劑拌種不僅可防治麥類黑穗病，還可有效地控制小麥根腐病、全蝕病、紋枯病的發生和危害，可用苯醚甲環唑或戊唑醇等拌種劑拌種，能夠促根壯苗、增加分蘗、防病抗倒伏，終起到增產效果。小麥全蝕病嚴重發生區，可選用12.5%硅噻菌胺懸浮劑拌種。第二，而地下害蟲和麥蚜的防治，可以在播種前用藥劑拌種，這種方法是防治小麥地下害蟲有效的方式。對地下害蟲發生區，可選用吡蟲啉種衣劑或丁硫克百威拌種，可以起到多重功效。