平菇的生長環境一定要保持衛生，否則會出現病蟲害或者引起雜菌孽生，這些都嚴重影響平菇產量，因此，一定要加強管理。下面我們來介紹一下，一些平菇生長過程中常見的病蟲害及碰到的問題。
青霉初期為白色，以后變成淺綠色。木霉一開始即為綠色，以后綠色逐漸加深。濕度高，通風不良，酸性環境易發生，這兩種雜菌都會污染平菇，發生這種狀況時，可挖掉污染部位，然后灑上多菌靈原粉或生石灰。注意料內污染，應全部燒掉或深埋。
菌蛆主要危害菌絲體或子實體。菌蠅、蚊等的幼蟲都是白色或黃色沒有腳的小蛆，會蛀食子實體。可衰老的菌絲體，或利用成蟲趨光性，設殺蟲燈進行誘殺，或噴高效低毒農藥，如敵百蟲1000倍液噴射，能殺死幼蟲和蟲卵。
菌螨屬于蜘蛛綱、蜱螨目的一些小蟲，個體很小，黃白色，成堆時是淡黃褐色，像灰塵或米糠，繁殖力很強行動迅速，會吃菌絲和菌蓋，造成菇蕾枯萎。可將原料充分曬干，周圍環境噴敵敵畏，發生后用4％三氯殺螨醇乳劑800倍液噴灑。
跳蟲的成蟲有靈活的尾部，彈跳如蚤，咬食子實體。可噴灑0.1％的魚藤精。
還有一些害蟲如古語蛄蝓、螞蟻、蟑螂、螻蛄等，防治時可在地面撒些生石灰。
在室內或地道，連續栽培平菇，往往引起病蟲、雜菌的嚴重危害，導致失敗。形成次栽培產量高，第二、三次嚴重污染，甚至無收。究其原因：因每次栽培后不消毒，平菇生長過程中產生有害 代謝產物，積累在床架、洞壁上。菌絲體衰老，室內或工事陰暗，潮濕、通氣差等原因，引起了雜菌孽生、蟲害橫行。防治方法：要注意環境衛生，墻壁用5％-6％堿水沖洗、刷凈，地面灑生石灰，或噴灑石灰酸消滅雜菌。另外噴灑殺蟲藥劑，消滅毒蟲。用甲醛、硫磺等藥品密閉熏蒸消毒。