一、辣椒炭疽病主要表現在果面有褐色水漬狀圓形或不規則形的病斑，直徑在1厘米左右，多數下陷，病健交界明顯，斑面輪生黑色或橙紅色小粒點。
殺菌劑防治：發現病株后，及時選用80%的炭疽福美可濕性粉劑800倍液或75%百菌清可濕性粉劑500~600倍液或70%代森錳鋅可濕性粉劑400~500倍液或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑600~800倍液噴霧，7~10天噴1次，連噴3次。
二、辣椒軟腐病主要危害果實，病害多發生在青果上，果皮初呈水浸狀暗綠色斑，后變褐軟腐，具惡臭味，內部果肉腐爛，果實變形，好像在袋子里裝滿了泥水，有的叫“一兜水”。后期果實失水后干縮，僅留下灰白色果皮掛在枝蔓上，稍遇外力即脫落。
殺菌劑防治：在雨前雨后及時噴灑72%農用鏈霉素可濕性粉劑4000倍液、50%琥珀酸銅可濕性粉劑500倍液、77%可殺得可濕性粉劑500倍液等，6~7天噴1次，連噴3~4次。