小麥紋枯病和小麥莖基腐病是兩種不同的病害，它們的主要區別在于發病部位和癥狀表現。
1.小麥紋枯病：
小麥紋枯病在小麥的不同生育期都可發生，主要危害葉鞘和莖稈。發病初期，病斑呈淡黃色小斑點，后發展成典型的黃褐色梭形或眼點狀病斑。病部逐漸擴大，顏色變深，并向內側發展延及莖稈，基部莖節腐爛，幼苗不抽生新葉，猝倒死亡。小麥生長中后期，葉鞘上的梭形病斑聯合，呈云紋狀，中間淡黃褐色，周圍有較明顯的棕褐色環圈。莖部病斑梭形，邊緣褐色，中部灰白至草黃色。病斑可沿葉鞘向植株上部擴展，直至劍葉，可形成青褐色至黃褐色花稈，葉鞘及葉片早枯。麥株間濕度高時，病斑也可向內發展深入莖稈，導致爛莖，造成倒伏、枯孕穗或枯白穗。
2.小麥莖基腐病：
這種病害主要影響小麥的莖基部。小麥莖基腐病在苗期就會開始感染，病菌早是通過衰敗的芽鞘侵入地中莖，然后向上擴展到分蘗節。被危害的葉鞘會變成褐色或黑褐色。
等待小麥返青后，病菌還會繼續向上擴展，并且會在莖基節間形成茶褐色病斑。小麥會因為受此病的影響而生長緩慢，嚴重時就會開始死亡。此病主要危害小麥莖基部的1、2節葉鞘。被危害的葉鞘會變成褐色或黑褐色（俗稱醬油桿），主要表現為莖基部變褐色莖稈輸導組織不能向上供應植株所需的養分，造成小麥葉片發黃，后期植株折倒、枯死和枯白穗，潮濕的環境下莖節處出粉紅色或白色霉層。
來源：地神農科院