隨著科技的發展和農業的進步，番茄的品種越來越豐富，番茄的品種包括六個番茄屬的種，其中三個果實有色，另三個果實為綠色。
1. 普通番茄 （Lycopersicon esculentum Mill）
所有的普通番茄都是自交能孕和可近親交配的。野生櫻桃番茄的柱頭在開花時會伸出比花藥圓錐體稍高一點，因此會有一小部分自然雜交。
普通番茄為一年生植物，有蔓性、半蔓性或直立性等：其葉片缺刻深淺不一，從光滑到有細毛茸。花序從單總狀到復總狀，花少數或多數，花有小、中、大各種類型，花萼短于或長于花冠，子房光滑或帶確茸毛，柱頭為圓柱形，果實有扁圓形。圓球形。球形和長圓形等不同形狀，子房有少數或多數者，果色為火紅。粉紅。橙黃；深黃或淡黃、綠色、紫色等多種。
植物矮性的平均為50~80 cm，高而蔓性的甚至有3 m或更高的，不同品種的莖在幼苗期大多是直立的，至果實長大后通常因果實重量而多倒狀。
果實有各種形狀，萼洼有寬窄和深淺之別，果重一般重1~500g；單果中有種子40~400粒，種子呈心臟形，有毛，扁平。
⑴ 櫻桃番茄（Var. cerasiforme Alef）
番茄的祖先是櫻桃番茄（L. esculentum Var. cerasiforme），櫻桃番茄是惟一在南美以外發現的野生番茄，櫻桃番茄比其他普通番茄屬的種能更好地適應熱帶潮濕的條件。現在的番茄品種與野生的櫻桃番茄之間，有密切的親緣關系。這兩種類型很容易互相雜交。
植株生長強健，莖蔓性，體表被有細而短的黃色茸毛（長2.5 mm）。葉大。缺刻深、裂片長、先端漸尖，間裂片為橢圓形、卵圓形或圓形。花序主要為單總狀，或長或短，花數較少，主要由5花被組成，少數有6花被的。花萼與花瓣幾乎等長。子房球形，柱頭短或與雄蕊等長。果實為球形，有火紅。深黃等顏色，子室為2，果實光滑或有毛茸，種子心臟形。有茸毛。
這一變種具有廣泛的分布區：在墨西哥、中美洲。秘魯等地均有分布。櫻桃番茄果實味酸，廣泛應用于罐頭食品中，也可作為選育抗病品種的原始材料。
⑵ 梨形番茄（Var. pyriforme Alef）
植株生長中強，莖直立或蔓生，光滑或被有毛茸，葉中大到大。花序主要為單總狀的。少數有強烈的分枝，花少數，偶有多數。花萼短于花瓣。花瓣漸尖到橢圓。子房長形，柱頭短或與雄蕊等長，果實為2室，偶有3室的。果形指數為1.5~2.0，果色有紅色、黃色。粉色等，心臟形，有茸毛。
梨形番茄與球形番茄雜交所得后代呈橢圓形、長圓形及卵圓形；與栽培品種雜交得到的后代變異很大，由此提供了很大的選擇性，可以獲得許多有價值的品種。
⑶ 李形番茄（Var. pruniforme）
植株生長中強，莖高130~150 cm，葉中等大小，裂片缺刻深，花序單總狀。較短，長8~10 cm。花少，7朵左右，花中等大小，有5~6個花瓣，直徑2 cm，花柱長短與雄蕊相等。果實小形（長2.5~3.0 cm，寬1.5~2.0 cm），果形指數為1.5~2，子室2.果重15~20 g，果色有紅、黃、粉紅色等，種子少。
⑷ 長圓形番茄 （Var. elongatum）
植株生長中強，莖直立或蔓生，高為70 cm，其上被有茸毛，葉中大到大，裂片卵形、全緣。花序有單總狀，偶有復總狀，花有多有少，通常具有7朵，花被5出，少數有6出者，萼片短于或長于花瓣，花柱等于或長于雄蕊；果實重30~50 g，有火紅、粉紅及深黃等顏色。
該種為食用種，分布較廣，具有很高的干物質含量。故為培育加工品種的良好原始材料。同時它對土壤要求不高，適應性較強。
⑸ 普通番茄（Var. vulgare）
植株生長強健，莖有蔓性、半蔓性或矮生性。分枝性有弱有強，體表有茸毛，葉片中大到大，具有不整形的缺刻。葉色從淺綠到深綠，葉邊緣有鈍鋸齒到尖鋸齒。花序有總狀或復總狀，花從少數到多數。果實有各種形狀，各種顏色，大小不一，以及各種成熟期的品種，栽培品種大多數集中在這個變種內。
⑹ 大葉番茄 （Var. grandifolium）
植株生長中強，葉系覆蓋中等或稀少。莖具蔓生性。被有茸毛，葉大，有似馬鈴薯葉。所以又稱其為薯葉番茄。葉的裂片為1~2對，全緣。間裂片及小裂片缺少。花序呈單總狀或復總狀。花中，小形，有5—7花被。果實有圓形、扁圓形及扁平形等多種，有的也有橢圓形者。子室從少數到多數。果色有火紅。粉紅或黃色等多種。
這一變種在栽培品種中為數不多，在經濟栽培上井無特殊價值，僅根據葉形的特殊性，而列為一個變種。
⑺ 直立番茄 （Var. valiudm Baily）
植株生長強健，呈矮性或中等高度，分枝性強，莖粗狀呈直立，節間短，莖上有茸毛。葉柄短，葉色濃綠，皺褶明顯。花序從單總狀到復總狀，花從少數到多數，花從小到大，有5~6花被。果實呈圓球形、扁圓形或扁平形，表面平滑或有菱形。主要有火紅色和粉紅色果實兩種。
⑻ 細葉番茄 （Lycopersicon pimpinellifolium（Jus 1） Mill）
番茄屬的有色果實野生種。在秘魯海拔較低的地方很容易見到，它的野生種生長在秘魯的海岸山谷地區，在秘魯北部（南緯7°~8°）的海岸邊就可以采集到細葉番茄。圍繞著利馬河，以及秘魯南端靠近智利邊界處，也可收集到細葉番茄。
細葉番茄和普通番茄可以相互雜交，親緣非常接近，這是惟一的野生種表現出與普通番茄的天然漸滲現象。這兩種情況都說明了細葉番茄在栽培番茄的進化中起了重要作用，因為現在的品種與它有密切的親緣關系，并且容易回交。細葉番茄在植物育種上是很有吸引力的種質資源。用細葉番茄為親本培育出了抗鐮刀菌枯萎病和抗性斑點病的品種。
2.契斯曼尼番茄（Lycopersicon cheesmanii Riley）
契斯曼尼番茄是番茄屆第三個果實有色的種，是惟一在加拉帕戈斯群島上發現的，由于在地理上與大陸上的種完全分離，因此可判定是單獨進化成的各種類型的契斯壘尼番茄都是自主能孕的，囚而只能是近親繁殖。各個群體都很一致，自花受粉導致果實發育小（直徑1cm），果實成熟時常為橙色。有些同型遺傳小種色累含量少，果實成熟時為黃色或黃綠色。契斯曼尼番茄對于植物育種家沒有提供育用的抗病基因，但契斯曼尼小番茄變種的—個有價值的特性是抗鹽，從野生種的海岸群體中的許多基因，已經和馴化的普通番茄栽培種Walter進行了回交，使該種植物能在用70%的海水灌溉下生存和結果。
3. 小花番茄（L. parviflorum）和奇美留斯基番茄（L. chmieleuskii）
這兩個綠色果實的種的變異中心，處于秘魯的南緯12°~14°，西經72°~74°。該地區為秘魯的腹地，為比較孤立的地區，因此這兩個種發現比較晚。小心番茄。奇美留斯基番茄為該地的分布重疊種。
現在可以用小花番茄與普通番茄進行雜交而不必克服什么種問障礙。遇到的問題是，有些小花番茄品系怎樣接受普通番茄的花粉，但這僅反映了野生種的花在去雄技術上的困難。有幾種小花番茄的生物型具有顯性的脫葉基因，并有隱性的致死作用，它只有在和（普通）番茄雜交時才表現出來。這種基因在和其他奇美留斯基番茄遠交時并不表現出來。
這兩個種相和番茄屬其他種的雜交。屬于“番茄復合體”。雖然它的果實成熟時為灰綠色，但小花番茄‘minutum’這個種，比番茄屬其他種更近似于綠色果的洗液番茄而不同于其他綠色果。奇美留斯基番茄和小花番茄在果實成熟時含糖量較高，奇美留斯基番茄（可溶性固形物為10~11%），和美國加州品種VF-145（可溶性固形物大約為5%）經過一系列的回交，育雛的品系含糖量明顯增加，果實大小和顏色也是可接受的。
4. 多毛番茄（Lycopersicon hisutum Humb and Bonpi）
為一年生或多年生，莖初期直立，而后因本身的重量而下垂。表面覆蓋有長而黃色茸毛為其主要特征，因而稱力多毛番茄。茸毛長為2.5~3.5 mm。在莖及側枝上長的茸毛中間還夾雜有短的黃色茸毛。
葉大，長20~30 cm，寬10~12 cm，呈狹長的橢圓形，基部帶有不正形的托葉，葉柄短。間裂片很多，上有叢密的茸毛。花序為中等大小，長15 cm，單式或為卷尾狀，有茸毛。每一花序上有10~15朵花。花的基部帶有成對的苞片，花萼小而短，萼片5枚。花瓣為黃色，一般為5枚，花藥呈紡錘彤，徑粗3~4 mm，花柱與雄蕊幾乎等長，柱頭成球桿狀。果實直徑1.5~2.5 cm，綠白色，有長的茸毛，種子暗褐色。頂端光滑。
多毛番茄是典型的高山原產植物，一股均在海拔2000~2500 m以上的地方生長，在海拔1100 m以下。則很少看到。它短日照植物。在18h的光照條件下，開花很弱，而在12h光照下雖然開花茂盛。但果實不能形成。它適于栽培在8~10 h的光照下。
多毛番茄的果實化學成分（估算鮮重的百分率：干物質為10.1%，全糖為1.66 %（包括單糖O.50%，雙糖1.16%），酸為0.32%，Vc為5.7 mg/100g。
這種果實化學成分的含量與其他種差別很小，有苦味，不能食用，但在果實中胡蘿卜素的含量則高于栽培品種量的3~4倍。多毛番茄耐溫度要求較低，能耐較長期的低溫（0~3℃）甚至到-2℃不會凍壞。
Ⅱ 秘魯番茄復合體種
1. 智利番茄（Lycopersicon chilense Dun）
智利番茄有直立生長的習性，而三典型的秘魯番茄則為匍匐生長。智利番茄的葉子具有11個或更多的裂片，秘魯番茄則很少有這種情況。的