馬鈴薯晚疫病具有流行性強、危害重的特點，在一個生長季可發生多次再侵染。氣候條件是馬鈴薯晚疫病流行的關鍵性因素，在陰雨連綿或多霧、多露條件下，晚疫病易流行，一旦流行，可導致大幅減產。
一、種植抗病品種
根據氣候條件和地理條件選擇適宜的抗病品種。可選用隴薯7號、隴薯9號、隴薯10號、青薯9號等抗病品種，各地可因地制宜選用。
二、做好種薯處理
出窖時淘汰病爛薯，播前嚴格選用無病種薯，可用50%甲基硫菌靈可濕性粉劑或72%霜脲錳鋅或58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑對種薯進行拌種處理。同時，要注意切刀消毒，用0.1%高錳酸鉀溶液或75%酒精消毒液等對切刀進行消毒，以防治馬鈴薯環腐病等病害通過切刀傳播。
三、強化農業防控
積極推廣高壟栽培，尤其在雨水多、墑情好的地方，要按行距起壟，可采取壟上播及平播后起壟等方式，降低薯塊帶菌率；根據土壤肥力狀況、降雨和品種特性確定種植密度，肥力較高，墑情好時可適當增加種植密度。一般情況是降雨在300～350毫米的地區密度在3000～3500株／畝之間，降雨在350～450毫米的地區密度在3500～4000株/畝之間，降雨在450毫米以上地區密度在4000～4500株/畝之間。
四、及時處理中心病株
當田間發現中心病株時，要將病株連根及種薯塊全部挖出，帶出田外深埋（深度1米以上），病穴內撒施生石灰消毒，對病株周圍50米范圍內的植株噴施58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑或72%霜脲錳鋅可濕性粉劑等藥劑進行封鎖控制，隔10天噴1次，連噴3次，阻止病害擴展。
五、突出預防和統防統治
預防是馬鈴薯晚疫病的主要防治措施。可在發病前，選用75%代森錳鋅可濕性粉劑或70%丙森鋅可濕粉噴霧預防。在發病期，及時開展統防統治和群防群治，可選用72%霜脲錳鋅可濕粉、50%錳鋅氟嗎啉可濕粉、氟吡菌胺·霜霉鹽酸鹽懸浮劑、70%丙森鋅可濕性粉劑、80%烯酰嗎啉水分散粒劑等藥劑。根據當地實際病情，建議每隔7～10天施用1次，每一生長季用藥不超過3次為宜，若要多次用藥時可以和其他種類藥劑輪換使用。