在“十二五”期間，我國農藥行業產業升級、兼并重組的腳步將不斷加快，農藥生產也將進一步向大型化、集約化方向發展，農藥產品朝著高效、、經濟和環境友好的方向發展。“十二五”農藥工業發展目標主要包括六大項：
總量目標：到2015年，農藥行業產值達2300億元，銷售收入2200億元，實現利潤150億元，年均增長分別達到7.7%，7.7%，9.6%。
產業組織發展目標：農藥原藥生產進一步集中，到2015年，農藥企業數量減少30%，銷售額在50億元以上的農藥生產企業5家以上，銷售額在20億元以上的農藥生產企業20家以上。前20位農藥生產企業的原藥產量將占總產量的50%以上。到2015年，力爭進入化工集中區的農藥原藥企業達到全國農藥原藥企業總數的50%以上，培育2-3個銷售額超過100億元、具有國際競爭力的大型企業集團。
產品發展目標：在保持總量略有增長的情況下優化產品結構，提高產品檔次，產品質量，力爭到2015年，殺蟲劑、殺菌劑和除草劑的比例調整為40：15：45。高效、、經濟和環境友好的新品種占總產量的50%以上，高毒、高殘留品種的產量由目前的5%降至3%以下。
創新發展目標：全面提高行業自主創新能力，建立并完善農藥創制體系和創新機制，加強創制品種的市場開發，提高市場分額。支持有條件的企業（集團）建立和完善GLP體系及通過相關國際互認。到2015年，農藥創制品種累計達50個以上，重點農藥企業研發投入占銷售收入的比重達到5%以上，農藥全行業的研發投入占到銷售收入的2%以上。
技術發展目標：到2015年，農藥行業整體技術水平將有較大提高，大型企業主導產品的生產實現連續化、自動化；新開發品種的技術指標、大部分老品種的質量達到國際先進水平。
環境保護與資源綜合利用目標到2015年，特殊污染物處理技術進一步提高和完善，“三廢”排放量減少15%。農藥產品收率提高5%，副產物資源化利用率提高30%。
在明確目標的基礎上，“十二五”農藥工業著重要完成3項任務：
大力調整產業結構：一是提高產業集中度。通過兼并、重組、股份制改造等方式組建大型農藥企業集團，推動形成具有特色的大規模、多品種的農藥生產企業集團。二是優化產業布局。嚴格控制原藥生產企業新布點，新建農藥原藥企業一律進入專業工業園區，重要水源地、城市近郊等環境敏感地區的現有農藥原藥企業要逐步實施搬遷入園。三是大力調整產品結構。重點發展高效、、環保的農藥品種。大力推動農藥劑型向水基化、無塵化、控制釋放等高效、的方向發展。四是淘汰落后產品和工藝裝備。加快淘汰《產業結構調整指導目錄》中的落后產品和落后生產工藝技術和裝備。
提高自主創新能力，提升技術水平：一是積極推進以企業為主體、科研單位為支撐、市場為導向、產品為核心、產學研相結合的農藥技術創新體系建設，繼續大力支持新農藥的創制開發，加強具有自主知識產權和市場競爭力的新農藥的研究開發。二是大型企業主要產品的生產實現連續化、自動化；加大農藥行業共性技術、關鍵技術和集成技術的開發，加大重要農藥中間體和專用助劑的開發。三是加強農藥行業知識產權保護力度，在農藥行業準入及產品生產許可等環節的審核中注重知識產權保護，維護企業合法權益。
保護生態環境和資源節約：一方面現有農藥原藥生產企業要向工業園區集中，引導農藥生產企業發展循環經濟、鼓勵清潔生產，減少污染源，降低企業“三廢”處理成本。另一方面加強源頭治理，開發和推行清潔生產工藝，加大農藥“三廢”治理技術和設備開發的力度，提高原輔材料回收利用率，嚴格控制有毒有害溶劑和助劑的使用，開發和推廣水基化等劑型。