根腐病是影響辣椒的主要病害之一，我們對于辣椒根腐病防治主要有三種方法：
一、常規農業措施防治-換茬輪作：
我們可以通過研究病菌在土壤中生理習性的一些特點，在蔬菜地換茬輪作耕種的時候安排上要與大白菜、甘藍、大蒜、大蔥等作物實行5年以上的輪作，是減少或杜絕辣椒根腐病發生的重要栽培條件。
二、防治隔絕病菌感染源：
針對一些大棚培育辣椒苗時的問題，一般情況，辣椒苗要自己解決，如果出現情況特殊需要通過購買辣椒苗，一定不可以在根腐病發病地區購買辣椒苗，從而杜絕辣椒根腐病的傳播。在大田地塊種植辣椒在發生根腐病的初期噴灑50％根腐靈可濕性粉劑或者是50%殺菌王水溶性粉劑再或者是50%多菌靈可濕性粉劑500倍液。針對發病的情況我們還可以使用50%地靈可濕性粉劑或者是50%甲基硫菌靈可濕性粉劑以及10%雙效靈水劑等我們在使用的時候要注意的是每畝地的用藥量，我們一般的話防治根腐病時用藥量是在每667平方米噴藥液50kg，每10天左右1次，連續2～3次就可以了。在辣椒摘果的前3天必須停止用藥。
三、科學管理農田：
我們在辣椒田管理上面，要防止田塊中積水，辣椒田里一定要有挖好排水溝，防治雨天地里積水；采用壟栽，做成90cm左右的壟距，一壟栽雙行，既利于提早封壟，又利于通風采光和田間管理；使用充分腐熟的有機肥，田里使用追肥的時候要盡量的使用配制好的復合肥母液隨澆水時澆施，或順壟撒施后澆水，防止人為管理造成辣椒根部受傷。發病田的隔離如在辣椒田里發現一株或幾株出現中午萎蔫，晚上稍恢復的情況，就應立即拔除，帶出田外燒掉，然后用土拌石灰掩埋辣椒株附近，隨后封閉全田。