微量元素肥料主要是無機鹽類或氧化物，一些礦物、冶金的副產物或廢料，常常可以用做微量元素肥料的原料，其生產方法與無機化工產品的生產方法相同。
由于單位面積的施用量很小，所以一定要用大量惰性物質稀釋后才能施用，施用不均勻時會毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用，通常采用兩種方法：一種是在生產常量顆粒肥料中混入。這種方法比較方便、經濟，不會產生養分不均勻現象，缺點是靈活性較差，難以滿足市場的多種要求；另一種是把微量元素肥料粉末涂包在常量顆粒肥料的表面。這個步驟在二次加工廠進行，可隨時滿足市場的需要。
微量元素肥料施用方法有土壤施用和葉面噴施兩種。
土壤施肥：常用的微肥除化學肥料外（如硼砂、硫酸鋅、硫酸錳等），還有玻璃肥料、礦渣或下腳料，通常都用做基肥或種肥。其施用方法為：在播種前結合整地施入土中，或者與氮、磷、鉀等化肥混合在一起，均勻施入，施用量要根據作物和微肥種類而定，一般不宜過大。
根外追肥：將可溶性微肥配成一定濃度的水溶液，對作物莖葉進行噴施。這種方法的優點是避免土壤中肥料不均勻造成危害，同時也可以在作物的不同發育階段，根據具體的需要進行多次噴施，以提高肥效。
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