香瓜菌核病全生育期均可發生，葉片、莖蔓和瓜果都可受侵染。葉片染病，呈水漬狀腐爛，病部產生白色菌絲，空氣干燥時僅形成大型灰褐色壞死枯斑。
莖蔓染病，亦呈水漬狀軟腐，病部產生濃密白色絮狀菌絲團，后期變成黑色鼠糞狀菌核，致病部以上萎蔫壞死。瓜果受害，初為水漬狀，以后迅速腐爛，在病部產生濃密絮狀白霉，轉變成黑色菌核，終致瓜果全部腐爛。
定植后發病前可用3.5％噻菌特煙劑進行煙熏，每667平方米用250克，傍晚進行，每隔7天1次，連熏3～4次。定植后發病前噴藥，常用藥劑有70％甲基硫菌靈可濕性粉劑700倍液，50％異菌脲可濕性粉劑1000～1500倍液，50％速克靈或農利靈可濕性粉劑1500倍液，40％菌核凈可濕性粉劑500倍液，20％甲基立枯磷（利克菌）乳油1000倍液。每隔7～10天噴施1次，連續防治3～4次。
當然了香瓜菌核病可以使用其他防治方法：
栽培措施。
有條件的地方可與百合科蔬菜輪作3年上；不能實行輪作的地方，可以利用三夏高溫季節進行土壤，方法是清潔田園后，每667平方米施石灰50～100千克，加上碎稻草或麥秸深翻后，灌水覆膜，可殺死菌核。培育適齡壯苗，苗齡6～8片真葉為宜。合理施肥，施用腐熟的堆肥，每667平方米施有機肥3000～4000千克，磷肥7.5～10千克，鉀肥10～15千克。帶土定植，提高蓋膜質量，使膜緊貼地面，避免雜草滋生。適期使用黑色地膜覆蓋，將出土的子囊盤阻斷在膜下，使其得不到充足的散射光，不能完成其發育過程。要避免偏施氮肥，增施磷、鉀肥。勤中耕除草。在子囊盛期中耕，有殺滅病原菌作用。及時病殘株及下部病葉。收獲后進行1次深耕，使多數菌核埋在6厘米土層以下。