番木瓜一般生長在南方，這種果樹本身比較特殊從氣候等方面不同施肥也有所不同，番木瓜施肥時主要是大量的微元素的補充。具體的肥料應用如下：
在營養生長期氮、磷、鉀的比例是5∶6∶5，生殖生長期為4∶8∶8。整地時將腐熟有機肥施入定植穴，每畝用100公斤，定植后10—15天開始薄施促生肥，以后兩個月內每隔10—15天施肥一次，以肥為主，由薄施到多施，由稀到濃。春植樹5—8月是施肥關鍵時期，早熟種一般24—26片葉就現蕾(45—50天)，現蕾前后要及時施重肥，供花芽形成需要，仍以氮肥為主，適當增施磷、鉀肥。8月底前要把全年肥料的80%施下，9月份以后，主要施壯果肥，此時進入盛花著果期，增施重肥，以滿足基部果實發育和頂部開花著果的需要。6月掛果的番木瓜在6—10月每月施重肥一次，要求氮、磷、鉀含量較高，每次每株施氮磷鉀復合肥100—300克，開花前每株加施20克硼砂。8月還應加施有機肥，如漚熟的花生麩，有利于提高果實品質。為了種子發育需要的養分，應重視磷、鉀肥的施用。據廣東經驗，每公頃果園年產果45噸，則每畝要施土雜肥3000公斤、水糞4000公斤、尿素20公斤和復合肥80公斤。