據調查，近年來，播種天麻數次，收貨較為豐富，但也不泛病蟲危害，嚴重的影響了天麻的產量和質量，天麻病蟲害防治技術有其制止方法。
病害，對天麻營養較大的病害分為塊莖軟腐爛病和雜菌，是危害天麻的罪魁禍首。塊莖軟腐爛病的病狀，發生軟腐爛病的塊莖，皮部萎黃、中心組織腐爛，掰開莖，內部變成異臭稀漿狀，組織內部充滿黃白色或棕紅色的蜜環菌菌絲，嚴重時整窖腐爛。軟腐爛病發生原因：栽培穴受27℃以上高溫或70%以上高濕的影響。天麻軟腐爛病防治方法，嚴格選擇菌材和菌床，栽培場地要選擇偏酸的沙質土地；嚴格挑選種麻，選擇無病蟲危害、健壯，沒有受高溫高濕危害的箭麻做種；嚴格田間管理，控制適宜的溫度和濕度，避免穴內長期積水或干旱。雜菌是天麻及菌材為嚴重的，防治方法，選擇優良的蜜環菌菌種，加大菌種用量，造成蜜環菌的生長優勢，抑制雜菌的生長繁殖，及時。
蟲害，天麻的蟲害有蠐螬、跳蟲、螻蛄、介殼蟲等。采取有效的防治方法，蠐螬動和螻蛄：100平方米內用90%敵百蟲或50%的辛硫磷0.15公斤加少量水稀釋，拌細土10-15公斤制成毒土撒施；跳蟲：跳蟲體形小，色白，一般以較高的濕度為生存條件，20-25℃活躍，一年可繁殖6-7代。主要咬食菌棒皮層內的菌膜，也吃食天麻塊莖，使天麻塊莖出現壞洞。在發生盛期可用1:800-1000倍的敵敵畏或0.1%魚藤精噴施或澆灌，或用4片/平方米磷化鋁熏殺。介殼蟲：主要是粉蚧危害天麻塊莖，一般由菌材、新材等樹木帶入窖內，危害后天麻長勢減弱，品質降低。如發生危害，應將此穴天麻及時翻挖，全部加工成商品麻出售，嚴禁留種，并將此穴菌材焚燒，以防蔓延。