西瓜枯萎病自幼苗至成熟期都可發生，以結果期發病重。主要從根部開始發病，直至維管束組織，引起導管變褐，葉片萎蔫、發黃，根系變褐、腐爛，全株凋枯而死。常造成大面積整株死亡，西瓜嚴重減產。由于西瓜枯萎病病菌在土壤中可存活5－6年，連作會加重病害的發生。
防治西瓜有效的方法是嫁接換根，用葫蘆或新土佐等高抗枯萎病的葫蘆科作物做砧木嫁接西瓜品種，只要注意斷掉西瓜根，苗子栽植時，不使嫁接口部位與土壤接觸，就會有效地防止西瓜枯萎病的發生。
對沒有嫁接的自根苗西瓜，要堅持“以防為主、綜合防治”的植保方針，認真抓好農業防治、生物防治等綜合防治措施。