含氯化肥主要包括氯化銨、氯化鉀和含氯復合肥（復混肥）。這些肥料使用不當，對農作物造成的危害更大，不僅會影響作物的品質，還可能給農作物造成傷害。在使用這類含氯肥料時必須注意以下問題：
1.煙草、馬鈴薯、甘薯、莧菜、萵苣、葡萄、蘋果幼樹等耐氯力弱的作物不宜使用含氯化肥。
2.秧田（包括直播田）不宜使用含氯肥料，否則很容易造成爛種、爛苗。
3.嚴禁含氯肥料與種子、種苗接觸，否則會造成爛種、爛根死苗。
4.含氯肥料應當用在甜菜、菠菜、谷子、紅麻、蘿卜、菊花、水稻、高粱、棉花、油菜、大麥等耐氯作物上，并且遵循少量多次的原則，不得當種肥，不宜作苗肥，不得作葉面肥噴施。
5.不宜連續多年施用含氯化肥。是含氯化肥和不含氯化肥交替使用或隔年使用。
6.大棚蔬菜、大棚瓜果等附加值較高的作物不宜施用含氯化肥。