采取藥劑防治蘆薈病蟲害是重要措施之一，該措施需要掌握好關鍵期，對莖枯病等蘆薈病蟲害應該抓住感染病害初期進行，確保母莖萌發到成熟之前這段極易感染病害期不受病害危害：對害蟲需要抓住幼蟲孵化高峰期到幼齡期進行。
在清園之后，幼莖剛生長出時就開始噴施藥劑蘆薈莖枯病，噴施藥劑需要堅持到莖葉老化。藥劑應該時常的輪換應用，不長期應用同一種藥劑，以避免產生抗藥性而使藥效下降。
1、蘆薈母莖生長期：
適宜選擇使用高效低毒害少殘留的農藥，比如有大生M-45可濕性粉劑或是六十五的好生靈可濕性粉劑或是七十的甲基硫菌靈可濕性粉劑或五十多菌靈可濕性粉劑500到600倍液莖枯病及褐斑病；消滅害蟲需要在幼蟲1到2齡噴施藥劑，可使用五的抑太保乳油1000到1500倍液、或是十的氯氰菊酯乳油1000倍液添加少許樂果、或是二點五的溴氰菊酯乳油600到800倍液混合敵百蟲或是安打3000倍液夜蛾科害蟲：使用十的大功臣1000倍液或是十的吡蟲啉可濕性粉劑1500到2000倍液可以有效消滅蚜蟲及薊馬；產生螨類及紅蜘蛛蟲害可以使用殺螨特乳油1000倍液噴霧。
2、蘆薈采收期：
應該推行生物，可以施用十二的敵力康1000倍液或是三的克菌康800到1000倍液等生物制劑莖枯病；使用菜碩星600到800倍液、或是白僵菌或蘇云金桿菌1000倍液、或是米滿1500倍液斜紋夜蛾等蛾科害蟲；使用阿維菌素類生物農藥蚜蟲及薊馬。