為加強農業部重點實驗室管理，提升科技創新能力，農業部分別于2015年和2016年分兩批組織開展了全部農業部重點實驗室（觀測站）“十二五”建設運行評估工作。我院承擔的5個農業部重點實驗室和5個農業部科學觀測實驗站被列入評估范圍。經過“自我評估”、“學科群內互評”、“抽查驗證”等評估環節，農業部經《農業部辦公廳關于2015年度農業部批重點實驗室評估結果的通報》（農辦科﹝2015﹞47號）和《農業部辦公廳關于農業部重點實驗室“十二五”建設運行評估結果的通報》（農辦科﹝2016﹞28號）向全國公布了批和第二批學科群重點實驗室（觀測站）的評估結果，我院取得優異成績。

在此次評估中，我院4個重點實驗室（觀測站）獲評“”，6個重點實驗室（觀測站）獲評“良好”。其中，我院“農業部南亞熱帶果樹生物學與遺傳資源利用重點實驗室”、“農業部功能食品重點實驗室”、“農業部農產品質量檢測與評價重點實驗室”、“農業部獸用與獸醫生物技術廣東科學觀測試驗站”獲評“”等級；我院“農業部華南動物營養與飼料重點實驗室”、“農業部南方植物營養與肥料重點實驗室”、“農業部華南花生與鮮食玉米科學觀測實驗站”、“農業部華南地區蔬菜科學觀測實驗站”、“農業部廣州作物有害生物科學觀測實驗站”獲評“良好”等級。