條件允許的情況下，要單倉保管，要求倉內干燥、通風、涼爽、避光，并且要有相應的防火設備。倉內各品化肥要單存單放，把同類性質的化肥放在一起，不同品種化肥中間要留足一定距離，以免互相接觸發生化學變化。
例如碳酸氫銨、氯化鋅等酸性化肥不要與石灰、草木灰等堿性肥料堆放在一起，以免發生化學反應降低肥效。
對揮發性強的化肥如碳酸氫銨，要嚴密包裝封存。
對吸濕性強并易燃的化肥如硝酸銨，要放置于涼爽、干燥處，底下墊圓木或木板，不要和柴油、酒精、紙類等易燃物放在一起。同時要注意防火。化肥一但吸濕結塊，不要猛烈敲擊，以免發生爆炸；搬放時要防止猛烈震動。
過磷酸鈣腐蝕性大，不要長時間放在麻袋里，不要和堿性肥料放在一起。