連作障礙的表現有三方面，一是土傳性病蟲害嚴重；二是土壤鹽漬化、土壤板結；三是蔬菜出現缺素癥。這些都可導致產量降低，品質下降。
由于造成設施蔬菜連作障礙的因素復雜，危害嚴重，損失較大，因此可采取農業防治、生物防治、物理防治和化學防治等多項措施進行綜合防治。
實行不同作物間的合理輪作倒茬，特別是水旱輪作，對預防土傳病害的發生可收到事半功倍的效果。合理輪作能使寄主專一性的病原菌得不到正常的生長和繁殖，從而減少致病菌的數量。
輪作還可以調節地力，提高肥效，改善土壤的理化性能。如茄果類、瓜類、豆類等深根性作物可與白菜類、綠葉菜類、蔥蒜類等淺根性作物進行輪作，可減輕病害發生。
搞好科學栽培管理也是有效防治連作障礙的好途徑，這里包括改進栽培技術、濕熱殺菌法、施入生物菌肥法、利用秸稈生物反應堆技術、利用夏季高溫悶棚技術、增施微量元素以及采取綜合農業措施等方面。