農作物施肥的禁忌有以下幾個方面：
鐵肥不宜施入土壤中。鐵肥極易被土壤固定而轉化成難溶性化合物，失去肥效。所以需采用葉面噴施的辦法，如硫酸亞鐵，用0.2%-0.5％的水溶液，對出現缺鐵癥狀的果樹，進行葉面噴霧。
銨態氮肥不能與堿性肥料混合施用，如碳酸氫銨、硫酸銨、硝酸銨、磷酸銨等不能與草木灰、窖灰鉀、石灰等混合施用。
硝態氮肥避免在稻田施用。硝酸銨、硝酸鉀、硝酸鈉等解離出的硝酸根離子，在水稻田中極易被水淋失至土壤深層，產生反消化作用，損失氮素。旱地施用硝態氮肥也應禁止在大雨前施或施后澆大水，以免降低肥效。 碳酸氫銨不宜淺施，應深施后立即覆土，深度應在6厘米以上。
碳酸氫銨不宜在溫室內施用。碳酸氫銨農民俗稱“氣肥”溫室內一般溫度較高，所以容易分解為氨氣而揮發損失肥效。 硫酸銨不宜長期連用，該肥屬于生理酸性肥料，在一塊地長期連用，會增加土壤酸性，破壞土壤結構，在堿性土壤中，硫酸銨中的銨離子被作物吸收，而硫酸銨中的銨離子被作物吸收，而硫酸根離子殘留在土壤中，與鈣發生作用，使 土壤板結僵化。
含氯化肥忌施于鹽堿土和忌氯作物上。氯化銨、氯化鉀等施入土壤后，氯離子則殘留在土壤中，長期連用會使土壤氯離子累積增多，導致土塌鹽化，在鹽堿地上施用會加重鹽害。對忌氯作物如甘蔗、甜菜、薯類、葡萄、西瓜、煙草等施用氯肥，會降低產量和品質。
尿素施用后不宜立即澆水。尿素施入土壤后，先以分子狀態存在，作物較難吸收利用，很容易隨水流失，所以尿素施后不宜馬上澆水，也不宜在大雨前施用，應和碳酸氫銨一樣，深施并覆土，又提高肥效。 磷肥不宜分散施用。磷在土壤中不易移動，很容易被土壤吸收固定，失去肥效，所以應盡量減少磷肥與土壤的接觸面積，不要分散施用，可采取溝施和穴施的辦法，集中施于作物根部附近。
鉀肥不宜后期追施，鉀在作物體內流動性較大。缺鉀時鉀能從作物的老組織（下部莖葉）中轉移到頂部幼嫩部分再利用，故缺鉀癥較缺氮磷癥狀表現晚，所以，鉀肥應提前施用，一般在作物苗期或拔節期等有中期追施，或一次性作基肥施用。